大约四万年前，那时还是冰期，海退，因此，亚洲大陆、日本列岛、澳大利亚，连成一片，大片陆地，走出非洲的一支晚期智人，Y染色体单倍群为D，称为亚洲矮黑人，其中的一些，走到了现在的日本，在那里定居下来，大约一万多年前，旧石器世代末期，他们形成了日本的绳文人，身形矮小，皮肤黝黑。
前十世纪到前三世纪，大陆的一些人，迁徙到日本列岛，他们身形高大，肤色较浅，形成弥生人，他们将水稻带到了日本列岛。尤其是，战国末期因逃避秦国征服而逃亡日本列岛的齐人，将墨家文化带到了日本。
前108年，汉武帝灭卫满朝鲜，汉帝国吞并朝鲜半岛，此时，日本列岛上有不少国，其中一些，通过朝鲜半岛，向汉帝国称臣、进贡，以九州岛的邪马台国为首。因日本人有亚洲矮黑人血缘，身形矮小，并且，当时，其经济文化落后，因此，称之为倭奴国。
汉光武帝在位期间，57年，首次有明文记载，九州的倭奴国接受册封，光武帝封其为“倭奴国王”，并授予金印。后世，在九州出土一枚刻有“汉委奴国王”五个字的金印，为纯金铸成，印体方形，长宽各2．3厘米，高2厘米，蛇纽，阴刻篆体字。
汉安帝在位期间，107年，倭奴国王献生口百六十人。
汉桓帝、汉灵帝在位期间，亦即146年到189年，倭奴国大乱，互相攻伐，女王卑弥呼，以鬼神之道，被共立为女王，其国建都于九州邪马台，称邪马台国，有一些属国。
魏明帝曹睿在位期间，239年，卑弥呼派遣臣下：难升米、都市牛利，到魏国位于朝鲜半岛的带方郡，表示臣服，曹魏称她为“亲魏倭王”，回送各种布匹、金子、刀、铜镜、珍珠、铅丹等物。
240年，带方太守弓遵，派出建中校尉梯儁等人，携带诏书印绶前往，封卑弥呼为“假倭王”。即代理倭王，并赐予金、帛、锦罽、刀、铜镜等物，卑弥呼遣使上表，答谢恩诏。
243年，卑弥呼派遣臣下：伊声耆等八人，向曹魏上贡生口、倭锦、绛青缣、绵衣、帛布、丹木、短弓矢等。伊声耆被曹魏授予率善中郎将印绶。
247年，新的带方太守王颀到任。卑弥呼女王与九州南部一国的男王不和，遣使到带方郡，陈述两国互相攻击的情况。太守王颀派塞曹掾史张政等人，携带诏书、黄幢，以难升米为向导，前往巡抚，卑弥呼此时已经去世，邪马台另立男王，国中贵族不服，相互诛杀，张政立卑弥呼十三岁的宗女台与，为女王，国中遂定。台与派使随张政等回国，并贡献男女生口三十人，白珠五千，孔青大句珠二枚，异文杂锦二十匹。
正是在曹魏时期，汉字开始传入日本，自此日本才有了文字。
不过，曹魏的附属，并未笑到最后；笑到最后的，是东吴的传人。
东吴灭亡后，一些东吴军民东渡日本列岛，将东吴的文化、军事，带到了日本列岛，使得日本出现了吴服，又称和服，而东吴水军的精髓，也传到了日本列岛，东吴人定居于本州岛的西部，建立了吴港。明治维新后，吴港成为日本帝国海军的主要基地，吴市为日本造船、钢铁、机械的发展中心，二战时世界头号军舰“大和”号军舰就是在此建造。二战结束后，吴军港仍为海上自卫队之重要据点，设有吴基地。
一些说法认为，位于九州的邪马台国可能在四世纪灭亡，而得到东吴先进文化传承的本州岛，建立倭国，统一了日本。
645年，倭国的中大兄皇子，联合贵族中臣镰足，发动政变，刺杀当时掌政的权臣苏我入鹿，倭国王室得以重掌大权，646年，推行“大化改新”。此后倭国逐渐迈向集权。
663年，在朝鲜半岛南部，发生白川江之战，唐、新罗联军，大破百济、倭国联军。你让身长九尺的秦叔保、身长八尺的薛仁贵，去打身高一米四的倭人，想不赢都难啊。
关于古代倭人的身高，著名的事例是，后世日本战国时期，相当于中国明后期，号称日本第一大将的本多忠胜，身高一米四。
白川江战败后，倭国痛定思痛，决心向先进的唐帝国学习，于是，派出一批又一批的留学生，向唐学习，因此，倭国的文化、经济、军事，突飞猛进。
汉字自此在日本广为应用。
689年，倭国国王升级为天皇；倭国升级为帝国，以地处东方，而改称日本；倭族，日语发音与“和”相同，于是，汉字改写为大和。
在接受大陆先进文化的同时，日本本土的神道教，也一贯发挥作用。而九世纪，日本文字有了平假名；十世纪，日本文字有了片假名。
十九世纪六十到九十年代，日本发动“明治维新”，脱亚入欧，全面向西方学习，并且成绩优异，一跃成为世界强国。
此后，日本渐渐走火入魔，军国主义当道。二战时期，日本海军成为仅次于美国海军的世界第二。
1945年7月，发生了著名的“吴港空袭”，美军大批飞机，对吴市军港进行了空袭，将日本仅存的主力战斗舰和巡洋舰，全部摧毁，报了日本偷袭珍珠港的一箭之仇，同时，美海军在濑户内海，布置大量水雷，封锁了海域和航道，使得吴军港完全瘫痪。
二战后，盟军占领日本，对日本进行了民主改造，动了手术。由于亚洲局势的剧变，原本计划中要被灭国的日本，咸鱼翻生，一跃成为美国的盟邦，又一次开始发展，自朝鲜战争开始，日本经济先是恢复，然后在六十年代开始起飞，此后，日本经济长期名列世界第二。
二战时世界头号军舰“大和”号
