接续三公九卿制的三省六部制（中书、门下、尚书三省，吏户礼兵刑工六部），影响更为深远。
尚书原为九卿中少府的属官，为“六尚”之一（见前面的文章），原本为皇帝收发文书，保管图籍。西汉武帝为强化皇权，政事不专任二府（丞相府、御史大夫寺），选择近侍官员拆读并审议章奏。尚书逐渐向中枢机要演变。
为便于出入宫禁，曾一度以宦者任事，称为中尚书，简称中书。因兼谒者之职，又名中书谒者。因大臣反对，成帝时废除，仍任用士人。凡实权高官大多主管尚书事宜，如霍光、王凤等。
尚书、中书（后世中书不再由宦者任事）二省均由皇家事务管理职能演化而来。
东汉初年成立尚书台，成为总理国家政务的中枢机构。尚书台设令为长，仆射为副，下辖尚书六人分主六曹。每曹设侍郎六人，令史三人协理。初具后世六部雏形。但此时仍属少府，位禄不高。
曹魏时，尚书台脱离少府。令、仆射和尚书并为三品，与九卿同级，位高权重。曹操仿汉武帝用尚书事，置秘书令，以身边低级官员（中书）撰草诏令，参与政事。魏文帝升格为中书监，尚书台不再独占机枢。
侍中（门下省的源头）亦为九卿之中少府属官。秦时为丞相派赴内廷往来奏事之府史。因殿内供职称侍中。汉代为加官，为内朝官，可出入宫禁，参与机要。东汉末改为专职专责。曹魏以侍从机构（侍中寺）分掌机要。西晋时称门下省。
西晋又改中书监为中书省，与门下省三分尚书台权力。南北朝时改尚书台为尚书省，下属六曹改为六部。
梁武帝时，中枢权力机构分为尚书、中书、门下等五省。
隋唐实行三省六部。三省同为中枢，权属不同，相互制衡。中书省领取旨意，门下省复核封驳，尚书省辖六部执行。
六部执掌：（一）刑部，掌官吏的任免铨叙、考绩升降（二）户部，掌土地户口赋税财政（三）礼部，掌典礼科举学校（四）兵部，掌全国军政（五）刑部，掌刑法狱讼（六）工部，掌工程营造屯田水利。
各部首长称为尚书，副首长称侍郎。部下设司。司的首长称郎中，副首长称员外郎。属官有都事、主事。历代大多相承。
三省长官尚书左右仆射、中书令和侍中同为丞相（因李世民曾任尚书令，因此空缺）。后演化为加授同中书门下三品或同中书门下平章事职者为丞相。原三省长官衔职成为重臣元老的加官。
南宋合并中书、门下省，以同中书门下平章事为相，设参知政事为侧相称执政，与丞相合称宰执。置枢密院处理军务，以枢密使为长。中书门下与枢密院合称二府，分掌文武。又设三司（含盐铁、度支、户部）管财，号称计省，三司使为长。民、军、财相关事宜各有所属，分别对皇帝负责。尚书省仍下置六部，但实际权限虚置。
元代裁撤门下、尚书二省，单设中书省为中枢机构，总理政务。中书省令由皇太子兼领，下设右左丞相理事。副相为平章政事、右左丞和参知政事。并设十一个行中书省管理地方事务。六部改属中书省。
明初袭元制，设中书省，置左右相。后废中书省和丞相，国家权力分属六部，直接受命于皇帝。六部制取代三省六部制。
清沿明制。
明清设立的内阁大学士和清雍正时期设立的军机大臣，大都只有票拟建议之权，与丞相之位权不可同日而语。
