在2000年左右国内兴起了高校合并潮，而如今的重庆大学也参与了高校合并，在2000年，重庆建筑大学，重庆建筑高等专科与原重庆大学合并组建了新的重庆大学，目前重庆大学是重庆市实力最强的高校，成功进入了985，211，双一流等多个国家高校发展规划行列。
但是，如果说起重庆医学实力最强的高校，重庆大学只能屈居第二，排名第一的重庆医科大学。于是，很多人都有这样的疑问，为何当时重庆医科大学没有直接选择并入重庆大学呢，是重庆大学不愿意接受还是重庆医科大学不愿意合并？
我们都知道重庆有一所政法高校，其实力非常强悍，曾是司法部直属院校，它就是西南政法大学。这所高校在国内政法院校的排名曾位居全国前两名，但是这所高校在合并浪潮中拒绝并入重庆大学，其目的是为了保留自己的学科特色，让西南政法大学这个校名长存。
重庆医科大学的选择其实和西南政法大学的理由非常相同，不是重庆大学不要，而是重庆医科大学不愿意。重庆医科大学曾是卫生部直属院校，在后来被下放到了重庆市管理，如今是教育部，国家卫生健康委员会，重庆市三方共建的高校，是国家重点支持建设的西部地区十四所大学之一。
在当时，重庆大学向重庆医科大学提出了合并意向，但是我们要知道重庆医科大学的前身是和复旦大学上海医学院有着极大关联的，它是上海第一医学院分迁到重庆组建了重庆医学院，之后发展为重庆医科大学。可以说，重庆医科大学的发展得到了复旦大学的极大帮助。
当时主要的反对有三点，第一重庆医科大学的老教授反对，第二重庆医科大学附属医院的归属问题，合并之后到底是归重庆大学管还是重庆大学医学院管理，第三就是重庆大学的目标是建设一所综合性大学，如果重庆医科大学并入无法保证提供足够的支持去发展医学。
于是，重庆医科大学选择了保留自己的校名独立发展，拒绝并入重庆大学。虽然重庆医科大学目前还是一所双非院校，但是这所高校的医学实力依然是重庆市实力最强的医科院校。当然了，没有并入重庆大学也对重庆医科大学造成了很大的不利影响。重庆大学依靠自身的影响力，大力支持重庆大学医学院的发展，把重庆五大区属大医院收入囊中，得到了很多重庆市医疗资源。
重庆市的西南政法大学和重庆医科大学可以说在近些年来，命运多舛，连续两次落选双一流院校评选，这在很大程度上影响了两所高校在社会上的影响力。希望这两所高校能够早日进入双一流院校行列，建设成为特色学科强校。
